La plupart des écosystèmes de la planète sont aujourd'hui menacés et avec eux, une grande partie des espèces qui y vivent. Une des solutions pour sauver ce patrimoine est de conserver ces espèces en captivité en attendant que les milieux naturels soient préservés.
Un parc animalier du XXIe siècle n'a pas uniquement pour but de montrer des animaux spectaculaires. C'est l'idée directrice du Parc de Branféré.
Conserver des espèces en voie de disparition consiste à leur garantir un bien-être maximal, parvenir à leur reproduction et maintenir une diversité génétique suffisante pour la pérennité de l'espèce en captivité. C'est pourquoi le Parc animalier et botanique de Branféré participe aux Programmes d'Elevage Européen (EEP) et aux Studbooks Européens (ESB) qui visent à augmenter les chances de reproduction des espèces les plus menacées et garantissent le maintient de la diversité génétique. L'objectif de ces programmes est de constituer des réservoirs d'espèces susceptibles d'être utilisées pour renforcer des populations menacées dans leurs milieux naturels. Ces espèces ambassadrices doivent permettre des actions de sensibilisation du public aux menaces qui pèsent sur les milieux naturels. La protection des espèces passe impérativement par la conservation du milieu naturel.
Les animaux du Parc de Branféré inscrits dans des EEP ou les ESB : le maki macaco, le maki vari noir et blanc, le maki vari roux, le maki catta, le saïmiri à tête noire, le gibbon à favoris blancs, le gibbon à main blanche, le siamang, le ouistiti à pinceaux noirs, le loup à crinière, le panda roux, le tapir du brésil, l'oryx algazelle, le cerf du Vietnam, le pélican frisé, la grue à cou blanc, et l'ara hyacinthe.